Natuurmonumenten, ANWB, Natuur en Milieufederatie Zuid-Holland, Midden-Delfland Vereniging en LTO Delflands Groen roepen gemeenten en provincie op om open te blijven staan voor een alternatief ontwerp van de Blankenburgtunnel. Dit alternatief gaat uit van een andere waterveiligheidsoplossing dan een kanteldijk waardoor een veel betere inpassing bereikt zou kunnen worden. Daarmee zouden natuur, landschap, recreatie en leefbaarheid van Midden-Delfland veel meer gespaard kunnen worden dan met de aanvankelijke ontwerpen van de weg. De onderzoeken naar de haalbaarheid van een alternatieve Blankenburgtunnel zijn op dit moment in volle gang.
Zowel tegenstanders van de Blankenburgtunnel (de natuurorganisaties en LTO Delflands Groen) als voorstanders van een nieuwe oeververbinding (ANWB) zijn het erover eens dat als de Blankenburgtunnel er komt de schade aan de groene long Midden-Delfland zo veel mogelijk voorkomen moet worden. De inpassing van de weg wordt bemoeilijkt doordat er lange tijd vanuit werd gegaan dat de weg vanwege veiligheid tegen overstromingen over een dijk heen moet. Een eerder uitgevoerde verkenning liet echter zien dat de waterveiligheid ook op andere manieren gegarandeerd kan worden, bijvoorbeeld door een verstevigde tunnel te maken of door middel van een schuif in de tunnel, waardoor de weg niet als een bult in het landschap komt te liggen en natuurgebied de Rietputten wordt gespaard. Zo kan de weg bijna over de volle lengte als tunnel worden aangelegd.
Het verder onderzoeken van de haalbaarheid van een alternatieve variant kon zowel bij de Tweede Kamer als bij het ministerie van I&M op steun rekenen. Deze onderzoeken worden nu uitgevoerd en aangezien er nog lang geen definitief besluit over de aanleg van de weg is genomen, zijn er nog genoeg mogelijkheden om voor een alternatief ontwerp te kiezen. De organisaties wijzen de regionale overheden in brief daar nu op. Een veel beter ingepaste variant zou uiteindelijk zelfs tijdswinst op kunnen leveren omdat deze naar verwachting op meer draagvlak in het gebied kan rekenen. Ook zou met deze variant mogelijk voorkomen kunnen worden dat beschermde natuur wordt aangetast waardoor compensatie niet meer nodig is.
